وعليكم السلام اخي الكريم.
اعتقد ان قصدك بالسؤال، هو الغموض بين التطبيق لاساسيات الجافا واستخدام Console أو Terminal لمشاهدة النتائج وقراءة بيانات من المستخدم.
لكن الأساسيات التي تتعلمها حاليا هي فعليا اساسيات في الجافا وجميع لغات البرمجة الأخرى، مثلا لن تجد مفهوم for مختلف في اي لغة برمجة اخرى او مفهوم if.
لذلك نعم يمكنك استخدام نفس المفاهيم لاحقا في بناء تطبيقات سطح مكتب، او مواقع ويب او حتى تطبيقات اندرويد، وعلى اعتبار كل منها تقنية منفصلة وجميعها تعتمد على الجافا، لذلك اساس الجافا لا بد منه.
بالنسبة لتطبيقات سطح المكتب يجب ان تبدأ باستخدام مكتاب swing والتي تمكنك من انشاء الواجهات وعناصرها (الأزرار، الحقول النصية، القوائم وغيرها).
بالتوفيق.