نعم يمكنك استخدام السكربت من الـ #C أي يمكنك استدعاء تابع جافا سكربت أو كتابة سكربت جديد باستخدام ScriptManager كما في المثال التالي:
protected void Page_PreRender(object sender, EventArgs e)
{
ScriptManager.RegisterStartupScript(this, GetType(), "YourUniqueScriptKey",
"alert('This pops up');", true);
}