جربت الطريقة وضبطت معي، إستخدمت خط الجزيرة (https://arbfonts.com/aljazeera-font-download.html).
from fpdf import FPDF
import arabic_reshaper
from bidi.algorithm import get_display
pdf = FPDF('P', 'mm', 'A4')
pdf.add_page()
pdf.add_font('Jazeera', '', '4_F1.ttf')
pdf.set_font('Jazeera', '', 16)
text = "ذهب الطالب الى المدرسة"
reshaped_text = arabic_reshaper.reshape(text)
bidi_text = get_display(reshaped_text)
pdf.cell(80,10, bidi_text)
pdf.output('output.pdf')